作为过境候鸟迁徙路线上的重要停歇地、越冬候鸟的重要栖息地，每年均有近100万只次迁徙水鸟在保护区栖息或过境。

经历年调查，保护区记录的鸟类有300种，其中鹤类、鹭类、雁鸭类、鸻鹬类和鸥类是主要水鸟类群。目前已观察到的国家重点保护的一、二级鸟类共77种，占保护区鸟类群落组成的25.67%，其中列入国家一级保护的鸟类18种，如白头鹤（Grusmonacha）、东方白鹳（Ciconiaboyciana）、黑鹳（Ciconianigra）、中华秋沙鸭（Mergus squamatus）、白尾海雕（Haliaeetusalbicilla）等；列入国家二级保护的鸟类59种，如白琵鹭（Platalealeucorodia）、大滨鹬   （Calidristenuirostris）、小天鹅（Cygnus columbianus）、鸳鸯（Aix galericulata）等。列入《中国濒危动物红皮书》的鸟类有20种。除此之外，保护区还记录中日候鸟及其栖息地保护协定的物种156种，中澳候鸟保护协定的物种54种。