保护区位于上海崇明岛的最东端。崇明岛面积1267km2，是全世界最大的河口冲积岛，也是中国仅次于台湾岛、海南岛的第三大岛屿，长江每年携带泥沙经潮流、海浪的改造，经历了河口心滩——水下沙洲——河口沙岛的演变过程和千余年的涨坍变化，在河口地区堆积形成了崇明岛。因此，东滩保护区与崇明岛在地质上有着不可分割的关系。

       根据地貌分类的形态成因原则和长江口地区地貌形成的外动力过程，保护区属于潮滩地貌单位。潮滩由潮上带、中潮滩、低潮滩和潮下带组成。潮上带指平均大潮高潮线以上的淤泥质沉积地带，潮间带指平均大潮高潮线和平均低潮线之间的滩涂；在这两个区域的滩涂受周期性海洋潮汐影响。东滩潮下带非常宽，一直延伸至20km外的佘山岛，潮下带的水深约5m左右。保护区地貌的一个重要特征是潮滩区中有大大小小众多发育良好的潮沟，潮沟是由于进潮和落潮时的潮水冲刷而成的，其主要作用是加速了潮水的涨落速度。潮沟在潮滩上的发育形成了众多的生态微环境，具有丰富的生物多样性。