保护区除了拥有种类繁多的鸟类之外，还拥有其它丰富的生物资源。鱼类常见种59 种，隶属于14 目31 科，其中有刀鲚、凤鲚、中国花鲈、鲻、鮻等10余种重要经济鱼类。现已查明的物种还包括兽类10种，两栖爬行动物16种、底栖动物106 种、浮游动物127种、浮游植物256 种、和昆虫103种。保护区是长江口水域中华绒螯蟹苗、日本鳗鲡苗的主要分布区。此外，还有泥螺，日本沼虾，海瓜子等种类繁多，资源丰富的经济动物，它们的重要生活史，如觅食、繁殖、幼体育肥等都依赖这一特殊水域。
