保护区是以保护“以鸻鹬类、雁鸭类、鹭类、鸥类、鹤类5类鸟类类群作为代表性物种的迁徙鸟类及其赖以生存的河口湿地生态系统”为主要目的，经国家批准的，依法划定、并依法予以特殊保护和管理的区域。保护区管理机构的主要任务和管理职能主要有以下九点：
（1）贯彻执行国家、本市有关自然保护区的法律法规和方针政策，并依照相关法律法规的授权或委托开展林业行政执法工作，查处破坏保护区内自然资源的违法行为；
（2）负责研究起草保护区内鸟类资源和自然环境保护管理年度控制计划，编制保护区建设发展规划、保护区区域范围及功能区划调整等各类专项规划（方案），并组织实施；
（3）负责制订保护区各项管理制度和管理措施，开展保护区日常管理工作，组织鸟类迁徙高峰季节核心区、缓冲区封区管理工作，统一管理保护区的自然资源和自然环境；
（4）定期调查监测保护区内自然资源并建立档案，定期开展国际重要湿地环境调查、监测和评估，组织、协助有关部门开展自然保护区科研工作；
（5）承担国家级陆生野生动物疫源疫病监测站建设维护，负责开展保护区内的监测、预警和防控工作；
（6）开展保护区社区共建共管工作，进行自然保护宣传教育，开展国内外交流与合作活动；
（7）负责组织、协调开展涉及自然保护区参观、生态旅游和考察等活动；
（8）负责办理《上海市崇明东滩鸟类自然保护区通行证》的申请和核发工作，监督管理保护区内有关行政许可事项的实施；
（9）完成上级主管机关交办的其他事项。